經常性的維護
（1）防潮如果室內潮濕，光學鏡片就容易生霉、生霧。鏡片一旦生霉，很難除去。顯微鏡內部的鏡片由于不便擦拭，潮濕對其危害性更大。機械零件受潮后，容易生銹。為了防潮，存放顯微鏡時，除了選擇干燥的房間外，存放地點也應離墻、離地、遠離濕源。顯微鏡箱內應放置1～2袋硅膠作干燥劑。并經常對硅膠進行烘烤。在其顏色變粉紅后，應及時烘烤，烘烤后再繼續使用。
（2）防塵光學元件表面落入灰塵，不僅影響光線通過，而且經光學系統放大后，會生成很大的污斑，影響觀察。灰塵、砂粒落入機械部分，還會增加磨損，引起運動受阻，危害同樣很大。因此，必須經常保持顯微鏡的清潔。
（3）防腐蝕顯微鏡不能和具有腐蝕性的化學試劑放在一起。如硫酸、鹽酸、強堿等。
（4）防熱防熱的目的主要是為了避免熱脹冷縮引起鏡片的開膠與脫落。
（5）請勿觸碰尖銳的物品，如鐵釘、針等。
（6）非相關人員請勿隨意動用。
光學系統擦拭
平時對顯微鏡的各光學部分的表面，用干凈的毛筆清掃或用擦鏡紙擦拭干凈即行。在鏡片上有抹不掉的污物、油漬或手指印時，鏡片生霉、生霧以及長期停用后復用時，都需要先進行擦拭再使用。
（1）擦拭范圍目鏡和聚光鏡允許拆開擦拭。物鏡因結構復雜，裝配時又要專門的儀器來校正才能恢復原有的精度，故嚴禁拆開擦拭。
拆卸目鏡和聚光鏡時，要注意以下幾點：
a、小心謹慎。
b、拆卸時，要標記各元件的相對位置（可在外殼上劃線作標記）、相對順序和鏡片的正反面，以防重裝時弄錯。
c、操作環境應保持清潔、干燥。拆卸目鏡時，只要從兩端旋出上下兩塊透鏡即可。目鏡內的視場光欄不能移動。否則，會使視場界線模糊。聚光鏡旋開后嚴禁進一步分解其上透鏡。因其上透鏡是油浸的，出廠時經過良好的密封，再分解會破壞它的密封性能而損壞。
顯微鏡的常見故障排除
4物鏡轉換器轉動困難或定位失靈
轉換器轉動困難可能是固定螺絲太緊。使轉動困難,并會損壞零件。太松,里面的軸承彈珠就會脫離軌道,擠在一起,同樣使轉動困難；另外彈珠很可能跑到外面來，彈珠的直徑僅有一毫米,很容易遺失。固定螺絲的松緊程度以轉換器在轉動時輕松自如,垂直方向沒有松動的間隙為準。調整好固定螺絲后,應隨即把鎖定螺絲鎖緊。不然的話,轉換器轉動后,又會發生問題。
轉換器定位失靈有時可能是定位簧片斷裂或彈性變形而造成。一般只要更換簧片就行了。
5鏡架鏡臀傾斜時固定不住
這是鏡架和底座的連接螺絲松動所致。可用專用的雙頭板手或用尖咀鉗卡住雙眼螺母的兩個孔眼用力旋緊即可。如旋緊后不解決問題,則需在螺母里加墊適當的墊片來解決。
當顯示屏上的圖像有切割的時候，就要考慮一下拉桿移動有沒有到位；如果沒有到位，把相對應的拉桿移動到位就可以了。
6使用過程中發現有臟點
如果發現顯示屏上的圖像有臟點，這時候就要考慮是不是標本室有臟物，如果發現標本室里面沒有臟物，再檢查一下物鏡表面有沒有臟物，如果有贓物顯示器上就會顯示有臟點，解決的辦法也很簡單，只要把物鏡表面和標本室里的臟物清除了就可以了。
7調節變焦時圖像不清晰
如果發現調節變焦時圖像不清晰，要檢查一下高倍調焦是不是清晰，如果不清晰那么只要把它調置最高倍，再做重新調焦即可。
（2）．擦拭方法先用干凈的毛筆或吹風球除去鏡片表面的灰塵。然后用干凈的絨布從鏡片中心開始向邊緣作螺旋形單向運動。擦完一次把絨布換一個地方再擦，直至擦凈為止。如果鏡片上有油漬、污物或指印等擦不掉時，可用柳枝條裹上脫脂棉，蘸少量酒精和乙醚混合液（酒精80%，乙醚20%）擦拭。如果有較重的霉點或霉斑無法除去時，可用棉簽蘸水潤濕后粘上碳酸鈣粉（含量為99%以上）進行擦拭。擦拭后，應將粉末清除干凈。鏡片是否擦凈，可用鏡片上的反射光線進行觀察檢查。要注意的是，擦拭前一定要將灰塵除凈。否則，灰塵中的砂粒會將鏡面劃起溝紋。不準用毛巾、手帕、衣服等去擦拭鏡片。酒精乙醚混合液不可用的太多，以免液體進入鏡片的粘接部使鏡片脫膠。鏡片表面有一層紫藍色的透光膜，不要誤作污物將其擦去。
機械部分擦拭
表面涂漆部分，可用布擦拭。但不能使用酒精等有機溶劑擦，以免脫漆。沒有涂漆的部分若有銹，可用布蘸汽油擦去。擦凈后重新上好防護油脂即可。
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